Accanto alla corposa produzione editoriale e all'attività di formazione, una parte importante dell'impegno scientifico dell'Istituto è riservata alla realizzazione e alla promozione di progetti di ricerca incentrati sia su repertoriazione, censimento e catalogazione di fonti medievali latine e volgari - nel solco quindi della tradizione più propria dell'ISIME - sia, più in generale, sulla dimensione socio-culturale della scrittura e dello scrivere nel Medioevo.
I progetti di durata variabile, vedono coinvolti enti e gruppi di ricerca di rilievo nazionale ed europeo, operanti tra loro "in rete" secondo logiche sempre più cooperative.